El Coro Mayor de la Basílica está situado a los pies de la nave central, justo en frente del Retablo Mayor. Procede de la antigua iglesia gótica. De estilo plateresco, fue tallado por un zaragozano (Nicolás Lobato), por un navarro (Esteban de Obray) y por un italiano (Giovanni Moreto). Toda ella está tallada en roble de Flandes entre 1544 y 1548. Se compone de tres hileras o graderíos de 124 sitiales. De ellos, 53 conforman la fila superior; 38 la fila segunda; y 33 la fila inferior.
En la línea superior, las espaldas de los sitiales presentan escenas bíblicas del Antiguo y el Nuevo Testamento, a excepción de la silla presidencial, que contiene la representación de la venida de la Virgen del Pilar a Zaragoza. También nos encontramos con diversas escenas de la pasión del Señor, así como otras relativas a la vida de la Virgen o a los misterios del Rosario.
En las filas intermedia e inferior encontramos escenas esbozadas o bajorrelieves en madera de boj, en perfecta armonía de color con el roble original. Cada asiento es una verdadera filigrana de talla de exquisito gusto y perfecta conservación.
En el centro del coro, para sostener los grandes y pesados libros de pergamino, se encuentra un gran facistol de madera, del siglo XVI, que se ve rematado por una pequeña imagen de la Virgen del Pilar, ante la que se arrodilla una estatuilla de Doña Godina, señora de La Almunia, seguramente porque el coro se tallaría a sus expensas. Cierra la obra una gran reja de casi 10 metros de altura y un frontal elevado, rematado por varias esculturas, entre las que se encuentra, en el centro, la de la Virgen del Pilar.
La sillería
Contratada la construcción de la sillería por Esteban de Obray en 1541, tras ganar un concurso público, las obreas de ejecución duraron desde 1542 hasta 1548; junto a Obray intervinieron los maestros mazoneros y escultores Juan de Moreto y Nicolás de Lobato. La participación de cada uno de ellos no está suficientemente deslindada, si bien, tras un análisis estilístico de los relieves proponemos unas atribuciones concretas.
La sillería presenta tres hileras superpuestas de sitiales en disposición ultrasemicircular y en orden decreciente, tallados en roble de Flandes con incrustaciones de boj amarillo. La ubicación actual del coro no se corresponde con la original, pues se desplazó un tramo hacia el fondo. Con estos cambios el número de asientos se redujo de 138 a 124 en la actualidad, si bien algunos están reaprovechados a ambos lados del altar mayor.
En los vistosos respaldos de los sitiales del piso superior se desarrolla un rico y completísimo programa iconográfico dedicado a la Vida de Cristo y de la Virgen, pasajes hagiográficos de santos aragoneses, y en los sitiales presidenciales la Venida de la Virgen del Pilar y escenas de la construcción de la primitiva Santa Capilla.
En el tratamiento de los medio-relieves se pueden deslindar tres manos de diferente calidad artística. Las escenas de la Vida de María, a la derecha del espectador con rasgos estilísticos más arcaicos, pueden ser obra de Esteban de Obray. Con respecto a las escenas frontales y primeras hacia la izquierda pensamos que bien pudieran ser obra de Juan de Moreta, por el tratamiento donatelliano en las anatomías, de suaves desnudos, y el equilibrio emocional y expresivo de los personajes. Los restantes relieves del lado izquierdo, relativos a la Pasión, Muerte y Resurrección de Cristo, muestran el lenguaje escultórico más avanzado del conjunto, claramente manierista, interpretado en la línea expresiva de Alonso de Berruguete. Adjudicamos estos pasajes a Nicolás de Lobato, quien sería, asimismo, autor de los vigorosos bustos de Reyes y Profetas del Antiguo Testamento que coronan los respaldos superiores de la sillería. La obra de la taracea está firmada en varios de los sitiales en 1546 por Juan de Moreto.
Caja del órgano
La caja del órgano, definida por el viajero Juan Bautista Labaña en 1610 como hecha con extremada escultura de floridos festones y semejantes ornamentos, se mantuvo intacta hasta la última reforma de consolidación del templo en los años 1929-1940. Sus autores, Juan de Moreto y Esteban Ropic, contrataron la obra en 1529, resultando también su profusa decoración de plateresco. Con la reforma indicada fue desmontada la caja y ampliada, imitándose en las partes nuevas los elementos decorativos renacientes, para darle a todo una unidad estilística.
Reja manierista
Se cierra el coro con una espléndida verja manierista, ejecutada por el maestro buidador Juan Tomás Celma entre 1573 y 1578, siendo realizado el basamento de mármoles por Guillermo Salbán. La reja sufrió pequeñas reformas en períodos posteriores.
Capillas del trascoro
De las cuatro capillitas situadas a ambos lados del trascoro merecen destacarse especialmente las del lado que da a la plaza. La primera de ellas, en retablo rococó, contiene un bonito lienzo de la Sagrada Familia, a la que popularmente se le llama la Virgen de Buena Esperanza, barroco, obra de Francisco Cortés de Vega, que fue restaurado en 1824 por Narciso Lalana. En la capilla contigua, en altar clasicista de fines del siglo XVIII, se disponen dos magníficas tablas; la mayor de ellas es un bellísimo Ecce Homo, de características manieristas, de suave pincelada y hermoso colorido, tradicionalmente atribuido a Francisco Potenciano de Palermo, pero que según Carmen Morte debe atribuirse a Rolán de Mois, de h. 1570-1580, por su minuciosidad y estilizaciones formales vinculadas al manierismo flamenco; la tabla fue restaurada también por Lalana en 1824, tal y como consta en una inscripción; la del ático es una deliciosa pintura flamenca de comienzos del siglo XVI y representa la Visitación.